Mit der Webapplikation FLEKO kann der Kontrolleur die Fleischkontrollen online in der Datenbank erfassen. Kontrolliert und freigegeben werden die Daten durch den zuständigen Kanton. Die in FLEKO erfassten Schlachtungsmeldungen für Schafe und Ziegen werden via TVD für die Auszahlung der Entsorgungsbeiträge verwendet. Die Daten dienen dem Bund zur Marktbeobachtung und erlauben zudem Aussagen über den Gesundheitszustand der geschlachteten Tiere. Mit einem Zusatzmodul der FLEKO können Kantone zudem die abrechnungsrelevanten Gebühren und Leistungen ihrer Kontrolleure erfassen.